醫藥工業潔凈廠房的設計規范需要考慮人員、物料凈化用室的房間及走向，為施工安裝、系統設施驗證、維護管理、檢修測試和安全運行創造的必要條件，滿足藥品生產工藝的要求、滿足空氣潔凈度級別的兩大要求。

在潔凈廠房平面布置中，首先應考慮防止人流與物流之間的交叉污染，應做到人、物流通道設計時，分別設置人員和物料進出生產區域，工藝要合理布局，避免人、物交叉重疊。廠房內物料傳遞路線越短越好。

由于建有潔凈廠房的企業大多數都生產高科技產品，對其生產工藝有特殊要求，很多潔凈廠房要求很高的密閉性能，密閉空間一旦發生火災，熱量難于散發，產生大量煙氣，給人員疏散造成較大困難。所以在對醫藥工業潔凈廠房進行設計時，應合理布置安全疏散出口和疏散路線。詳細規范見《潔凈廠房設計規范》。

醫用工業潔凈廠房設計要點還包括合理劃分空調系統、裝修設計和用料、常用的監測設備等方面，在此就不深入介紹，需要根據各企業實際需求隔離規劃。